想到珊瑚礁很多人都會(huì)聯(lián)想到蔚藍(lán)的天空和海水，事實(shí)上，這是珊瑚礁能存在與否的其中兩個(gè)重要因素。 造礁珊瑚需要共生藻提供的能量，因此水下光線充裕與否是個(gè)重要的因素。 

    而深度首先就是個(gè)重要的光線限制因子，譬如很少有礁體能在五十公尺以下形成的，因此大部份珊瑚礁都在近岸或沿岸的淺水域形成。另一方面水的混濁度決定了光線能穿透的深度，因此，在河口如中國(guó)大陸沿海，臺(tái)灣海峽等大陸塊沿岸，因河川帶來(lái)的懸浮物過(guò)多，光線被阻隔，珊瑚礁很少有形成的機(jī)會(huì)，反之在小島四周，例如蘭嶼、綠島、東沙等因?yàn)闆](méi)有河川沖積下來(lái)的泥砂，常常有發(fā)育良好的珊瑚礁。懸浮物除了遮敝光線，一旦沈積在珊瑚上，也會(huì)直接造成其死亡。

    因此，河川上游水土保持的成效，會(huì)直接影響沿海的珊瑚礁生態(tài)系。自然界環(huán)環(huán)相扣，在此得到一個(gè)例證。同樣地，海邊工程若不注意泥砂的管制，是直接造成附近珊瑚礁浩劫的機(jī)制。擋土墻、流砂溝等，都是工程界應(yīng)用來(lái)防止破壞環(huán)境的措施。 蔚藍(lán)的海水還有另一層生態(tài)上的意義，那就是表示水中營(yíng)養(yǎng)鹽，如氮、磷等很少。

    原來(lái)水底有很多海藻會(huì)跟珊瑚競(jìng)爭(zhēng)附著的空間和光線，一旦水中營(yíng)養(yǎng)鹽濃度高，藻類繁生速迅，很快地就把生長(zhǎng)緩慢的珊瑚給遮蔽，進(jìn)而造成珊瑚的死亡。海水中營(yíng)養(yǎng)鹽過(guò)多，也會(huì)造成海水偏綠，降低光線的穿透，阻礙珊瑚細(xì)胞內(nèi)共生藻光合作用的進(jìn)行，所以珊瑚礁似乎是自然界中少數(shù)會(huì)受營(yíng)養(yǎng)鹽破壞的生態(tài)系之一。

    在恒春半島的南灣海域，原本沒(méi)有河川注入，住民也很少，因此水質(zhì)清澈。自從游客增加，當(dāng)?shù)禺a(chǎn)生的廚余、污水大量增加，遲到都會(huì)流到海灣內(nèi)，這些有機(jī)廢物，經(jīng)分解成無(wú)機(jī)鹽后，都成了海藻*好的營(yíng)養(yǎng)鹽。因此目前在南灣有些地區(qū)已經(jīng)有海藻為患的問(wèn)題。同樣的問(wèn)題也發(fā)生在很多以珊瑚礁吸引游客的觀光島。

    亦即由美麗珊瑚礁景觀→吸引游客→建觀光旅館→吸引更多游客→海水優(yōu)養(yǎng)化→海藻取得優(yōu)勢(shì)，珊瑚礁衰敗，形成一個(gè)快速的生態(tài)環(huán)境演替。而其結(jié)果就是脆弱珊瑚礁生態(tài)系在短時(shí)間內(nèi)的破壞。為了防止這種演替的現(xiàn)象，有些觀光島嶼已經(jīng)成功地以回收廢水，避免排放到海灣中，來(lái)有效地保護(hù)珊瑚礁，這種方法也值得我們運(yùn)用在墾丁國(guó)家公園內(nèi)的珊瑚礁生態(tài)系上。 

    浮潛在南灣的海面上，向水面下可以輕易地看到上百種各式各樣的珊瑚，海綿、海鞘、魚(yú)、貝、蝦、蟹...等等生物，每種生物展現(xiàn)各自的形狀、顏色、行為，若仔細(xì)觀察會(huì)發(fā)現(xiàn)有更多躲藏，隱蔽起來(lái)的種類，就算在熱帶雨林也很難發(fā)現(xiàn)如此的景觀。相對(duì)地，倘若浮潛在沒(méi)有珊瑚礁的西子灣海面上，如果有幸看到海底，除了砂子以外，幾乎是看不到什么生物的。