一個這么有價值的生態系，是否容易遭受人為破壞呢？很不幸地，答案是肯定的。

    大部份珊瑚礁都在靠近陸地的淺水域，因此，很容易受到岸上活動的影響。

    譬如水土保持不佳，大量泥砂沖到海里，會直接造成珊瑚的死亡；

    海岸活動人口太多，排放廢水，會造成海灣優養化，導至藻類大量繁生，而造成珊瑚的衰敗；

    水上活動也是造成礁體破壞的原因，例如：不當的漁法，如炸魚、毒魚，間接破壞珊瑚礁體；
    盜采珊瑚做為水族缸內的寵物，更是直接造成珊瑚礁破壞的因素。

    以恒春半島的南灣為例，目前珊瑚礁受到的破壞就是來自多方面的。例如：

    一、游客太多，污水未能處理造成優養化。

    二、國家公園海域內，有不法漁民毒魚、炸魚、濫捕，甚至公然經銷當地的熱帶魚。

    三、海膽是珊瑚礁中捕食藻類的重要一員，但也受到貪吃的無知民眾嚴重盜采。

    四、海岸邊的工程，如飯店、餐館常常未能防止泥砂流入海中，而直接造成珊瑚的死亡。

    五、核三廠的熱排水造成珊瑚白化，甚至死亡。

    這些問題除了須要管理單位強力執法以外，我們每個個人也都有可以盡力的機會。