祖母綠與其他寶石一樣，有的也有缺陷，為使其天然美質得到提升，增加它的價值，于是對一些色澤淡、淺、裂隙較多的祖母綠用植物油、雪松油浸注，使其完美。

　　此外，還有用樹脂類透明膠充填缺陷的祖母綠，但放大鏡下，能發現充填物較厚處會殘留氣泡，光澤灰暗。還有為了使祖母綠顏色加深，用化學顏料浸染，但高倍放大鏡下，也能見到被浸染的祖母綠內部綠色沿裂隙蜘蛛網狀分布。

　　綠色寶石與祖母綠的比較： 　　
  
　　綠色電氣石：硬度7級，顏色偏黃灰且暗，內部沒有三相包裹體�！　�
  
　　翡翠：硬度6.5級，油脂至玻璃光澤，半透明至不透明，纖維交織結構，顏色與寶石主體混為一體，沒有三相包裹體。

　　綠色玻璃：硬度5級，顏色輕浮，缺少祖母綠色彩特征，內部含有氣泡。